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行業(yè)新聞
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復(fù)旦大學(xué)“華表”項(xiàng)目啟動(dòng)構(gòu)建中國首個(gè)全外顯子公共數(shù)據(jù)
時(shí)間:2017-11-17 09:52:00 來源:測(cè)序中國 點(diǎn)擊:

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11月11日,人類遺傳資源數(shù)據(jù)保藏與共享研討會(huì)暨“華表”全外顯子公共數(shù)據(jù)庫發(fā)布會(huì)在京舉行。中國科學(xué)院院士、復(fù)旦大學(xué)副校長(zhǎng)金力,國家衛(wèi)生計(jì)生委醫(yī)藥衛(wèi)生科技發(fā)展研究中心主任李青等30余位遺傳學(xué)、人類學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、基因組學(xué)權(quán)威專家、產(chǎn)業(yè)領(lǐng)袖及行業(yè)資深人士參加本次研討會(huì)。此次會(huì)議由復(fù)旦大學(xué)現(xiàn)代人類學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主辦,艾吉泰康生物科技(北京)有限公司(以下簡(jiǎn)稱艾吉泰康)承辦。

大會(huì)上,與會(huì)專家共同啟動(dòng)了“華表”全外顯子公共數(shù)據(jù)庫發(fā)布儀式,該項(xiàng)目由復(fù)旦大學(xué)現(xiàn)代人類學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合艾吉泰康于2017年9月發(fā)起,是中國首個(gè)以共享為主要目的的全外顯子公共數(shù)據(jù)庫,將為我國參比基因組數(shù)據(jù)集的建設(shè)以及精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展起到巨大的推動(dòng)作用,也將對(duì)科研臨床研究產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。

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近年來,隨著生命科學(xué)與生物技術(shù)研究開發(fā)的進(jìn)展,圍繞著人類遺傳資源的保護(hù)、管理與利用的國際競(jìng)爭(zhēng)日趨激烈。人類遺傳資源的開發(fā)利用以及管理水平將成為決定未來各國生命科技與產(chǎn)業(yè)競(jìng)爭(zhēng)成敗的重要因素。

國際上相繼展開多次人類基因組遺傳密碼破解計(jì)劃。2001年,人類基因組計(jì)劃構(gòu)建第一個(gè)人類參考基因組。2008年,千人基因組計(jì)劃啟動(dòng),對(duì)全球不同人種的2500例樣本進(jìn)行全基因組測(cè)序,繪制完成迄今最為詳盡的人類基因組變異圖譜,包括8470萬SNP、360萬indel和6萬結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)。由于不同人種間基因組變異位點(diǎn)及頻率存在顯著差異,各國紛紛啟動(dòng)面向本國/本地區(qū)的基因組測(cè)序計(jì)劃,以發(fā)現(xiàn)人群特有的基因組變異,建立更加精準(zhǔn)的參考基因組,服務(wù)于健康和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。

但是國際上公開的人類基因組變異數(shù)據(jù)大多來源于西方人群,利用其作為參比數(shù)據(jù),常造成我國基因組研究和臨床應(yīng)用結(jié)果的不準(zhǔn)確,因此亟待通過高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)的獲取,建立覆蓋全國、有地域代表性、標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)一的中國人群基因組數(shù)據(jù)庫,并探討數(shù)據(jù)庫共享機(jī)制,以滿足我國生物醫(yī)學(xué)研究的需求。

為此,在國家科技部和衛(wèi)生計(jì)生委有關(guān)部門的指導(dǎo)下,復(fù)旦大學(xué)與艾吉泰康攜手聯(lián)合,利用雙方資源優(yōu)勢(shì),啟動(dòng)“華表”全外顯子組數(shù)據(jù)庫項(xiàng)目。據(jù)悉,項(xiàng)目第一階段主要目的是通過對(duì)覆蓋全國、有代表性的漢族人群樣本進(jìn)行高質(zhì)量測(cè)序,系統(tǒng)解析外顯子區(qū)域等位基因頻率,精細(xì)刻畫中國漢族人群遺傳結(jié)構(gòu),形成我國自主建設(shè)的中國人群基因組數(shù)據(jù)庫。同時(shí),在遵循國家人類遺傳資源管理?xiàng)l例的框架下嘗試推動(dòng)包括基因組數(shù)據(jù)在內(nèi)的各類人類遺傳資源數(shù)據(jù)的保藏與共享,并為下一步的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究提供參考數(shù)據(jù)集。

會(huì)上“華表”項(xiàng)目總設(shè)計(jì)師金力院士表示,兩年前我國開始推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目。經(jīng)過若干戰(zhàn)略討論,一致認(rèn)為我國精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)項(xiàng)目成功與否的重要關(guān)鍵就是“共享”二字。 “共享是推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展的抓手,如果數(shù)據(jù)不能共享,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)、人工智能等理想將永遠(yuǎn)停留于夢(mèng)想,止步不前。”

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金力院士

據(jù)了解,“華表”計(jì)劃的架構(gòu)設(shè)計(jì)是由復(fù)旦大學(xué)金力院士團(tuán)隊(duì)提供頂層設(shè)計(jì),艾吉泰康用自主開發(fā)的AIwholeExome全外顯子捕獲芯片進(jìn)行捕獲測(cè)序,第一批研究樣本由復(fù)旦大學(xué)提供,后續(xù)有望收集更多研究樣本,也期望為研究者分享更多高質(zhì)量數(shù)據(jù)。

金力院士同時(shí)表示,“華表”項(xiàng)目有兩個(gè)關(guān)鍵點(diǎn)。第一是群體代表性。我國幅員遼闊,文化歷史悠久不同人群在遺傳上具有很大差別。共享數(shù)據(jù)能否真正代表全國各地不同人群的遺傳差異性和多樣性,是至關(guān)重要的核心問題;第二,數(shù)據(jù)質(zhì)量必須高。高質(zhì)量數(shù)據(jù)才有研究與應(yīng)用價(jià)值,從第一批數(shù)據(jù)的初步分析結(jié)果來看,他對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量非常有信心。

科研數(shù)據(jù)包括基因組數(shù)據(jù)的共享既是偉大工程,也面臨巨大挑戰(zhàn)。李青主任認(rèn)為,當(dāng)前基因測(cè)序技術(shù)與臨床研究的不對(duì)稱發(fā)展就是突出的問題之一。過去20年間,測(cè)序成本下降了100萬倍,但臨床研究思路和手段依然沒有實(shí)質(zhì)性變化,仍沿襲過去的套路,這就造成測(cè)序技術(shù)與臨床技術(shù)“一快一慢”的不平衡發(fā)展,測(cè)序數(shù)據(jù)如何與臨床癥狀對(duì)接,消弭不對(duì)稱性,將是接下來要克服的重要課題。

他表示認(rèn)同和支持“華表”項(xiàng)目的開展,希望可以動(dòng)員全社會(huì)自下而上,發(fā)揮眾人聰明才智,利用市場(chǎng)機(jī)制和顛覆性技術(shù),應(yīng)用創(chuàng)新理念和商業(yè)模式,打通這條道路,共建數(shù)據(jù)共享的恢宏大廈,最終實(shí)現(xiàn)信息資源和數(shù)據(jù)整合這一政府多年的夙愿,進(jìn)一步深化推進(jìn)健康中國建設(shè),為國家醫(yī)療健康事業(yè)作出新貢獻(xiàn)。

國家人口與健康科學(xué)數(shù)據(jù)共享平臺(tái)管理主任尹嶺教授,分享了國家公共數(shù)據(jù)平臺(tái)運(yùn)營情況。他表示,近年來我國在精準(zhǔn)醫(yī)療、慢病管理等領(lǐng)域建立諸多醫(yī)學(xué)研究基地。在人口健康平臺(tái)上,每一個(gè)疾病都由最頂級(jí)的研究單位和專家承擔(dān),收集腫瘤標(biāo)本、腫瘤實(shí)體標(biāo)本化驗(yàn)、臨床數(shù)據(jù)、基因數(shù)據(jù)構(gòu)成龐大數(shù)據(jù)庫。他強(qiáng)調(diào),此次華表數(shù)據(jù)發(fā)布是建立中國人的遺傳基因數(shù)據(jù)庫,包括保藏管理系統(tǒng)和知識(shí)產(chǎn)權(quán)發(fā)布系統(tǒng)等,將為國家人口與健康科學(xué)數(shù)據(jù)共享平臺(tái)貢獻(xiàn)全新的寶貴數(shù)據(jù)。

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尹嶺教授

與會(huì)的多位專家學(xué)者也都分享了各自的研究成果,紛紛表示支持華表項(xiàng)目的推進(jìn),同時(shí),也希望可以在機(jī)制保障的前提下分享各自的科研數(shù)據(jù),為國家公共數(shù)據(jù)平臺(tái)的建設(shè)及生命醫(yī)學(xué)的發(fā)展做出貢獻(xiàn)。


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