近年二代基因測序（next-generation sequencing，NGS）技術(shù)快速發(fā)展，其應(yīng)用已進(jìn)展至臨床檢測，如遺傳疾病、實(shí)體腫瘤、血液腫瘤、感染性疾病、人類白細(xì)胞抗原分析及非侵襲性產(chǎn)前篩查等。國內(nèi)外有關(guān)學(xué)會(huì)已出臺(tái)相關(guān)共識(shí)與指南以推動(dòng)其在臨床中的應(yīng)用【1-4】。中華醫(yī)學(xué)會(huì)病理學(xué)分會(huì)和中國抗癌協(xié)會(huì)腫瘤病理專委會(huì)前期組織病理、臨床、生物信息等專家進(jìn)行了充分討論，擬在NGS的操作流程、數(shù)據(jù)處理、結(jié)果解讀等方面作規(guī)范和建議，以規(guī)范NGS在分子病理領(lǐng)域的應(yīng)用。
臨床分子病理實(shí)驗(yàn)室NGS樣本可采用甲醛固定石蠟包埋組織（formalin-fixedparaffin-embedded，F(xiàn)FPE）、新鮮組織、各種體液上清液、體液離心細(xì)胞塊、石蠟包埋標(biāo)本和血漿/血液標(biāo)本等。本共識(shí)特色是基于病理評(píng)估的組織樣本（FFPE、新鮮）的規(guī)范。測序分析范圍基于目前臨床需求，本共識(shí)著重在于目標(biāo)區(qū)域測序（panel）分析的實(shí)踐。隨著技術(shù)的更新和應(yīng)用的成熟，本共識(shí)將持續(xù)更新以滿足臨床需求。
一、實(shí)驗(yàn)室總體要求
NGS檢測實(shí)驗(yàn)室的總體設(shè)計(jì)與要求應(yīng)參考《分子病理診斷實(shí)驗(yàn)室建設(shè)指南（試行）》、《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則》、《個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測質(zhì)量保證指南》、《腫瘤個(gè)體化治療檢測技術(shù)指南》、《個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測實(shí)驗(yàn)室管理辦法》、《測序技術(shù)的個(gè)體化醫(yī)學(xué)檢測應(yīng)用技術(shù)指南（試行）》進(jìn)行【5-7】。
1．NGS檢測人員的資質(zhì)要求：NGS檢測技術(shù)人員應(yīng)具備臨床病理學(xué)、分子生物學(xué)的相關(guān)專業(yè)大專以上學(xué)歷，并經(jīng)過NGS技術(shù)的理論與技能培訓(xùn)合格。數(shù)據(jù)分析人員應(yīng)具有臨床醫(yī)學(xué)或分子生物學(xué)或遺傳學(xué)知識(shí)背景并經(jīng)生物信息學(xué)培訓(xùn)。最終報(bào)告應(yīng)由中級(jí)或碩士以上具有病理學(xué)背景、經(jīng)培訓(xùn)合格的本單位執(zhí)業(yè)醫(yī)師或者授權(quán)簽字人(醫(yī)學(xué)博士學(xué)位或高級(jí)職稱)審核。
2.NGS檢測實(shí)驗(yàn)室的區(qū)域設(shè)置要求：原則上NGS實(shí)驗(yàn)室應(yīng)當(dāng)有以下分區(qū)：樣本前處理區(qū)、試劑儲(chǔ)存和準(zhǔn)備區(qū)、樣本制備區(qū)、文庫制備區(qū)、雜交捕獲區(qū)/多重PCR區(qū)域（第一擴(kuò)增區(qū)）、文庫擴(kuò)增區(qū)（第二擴(kuò)增區(qū)）、文庫檢測與質(zhì)控區(qū)、測序區(qū)、數(shù)據(jù)存貯區(qū)。各工作區(qū)空氣及人員流向需要嚴(yán)格按照《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則》。分區(qū)可根據(jù)實(shí)際情況合并，但是在前處理和建庫時(shí)，血液樣本應(yīng)與組織樣本分開。
3．NGS檢測試劑及項(xiàng)目要求：試劑和測序平臺(tái)均應(yīng)選擇中國食品藥品監(jiān)督管理總局(CFDA)認(rèn)可產(chǎn)品。涉及到實(shí)驗(yàn)室自配試劑，應(yīng)該有嚴(yán)格的試劑制備標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程（SOP），需經(jīng)過臨床實(shí)驗(yàn)室自建項(xiàng)目(LDT)驗(yàn)證合格才可使用。每個(gè)NGS檢測項(xiàng)目在驗(yàn)證時(shí)需要根據(jù)建庫方法、測序平臺(tái)和分析工具以及不同的突變類型包括，單堿基突變single nucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷貝數(shù)變異Copynumber variations（CNVs）、染色體結(jié)構(gòu)變異，structuralvariation（SVs）以及不同的樣本類型（如FFPE組織、新鮮組織、全血、胸水等）對(duì)特定panel的準(zhǔn)確性、精確性、敏感性、特異性等性能參數(shù)進(jìn)行LDT驗(yàn)證。應(yīng)該有經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)品測試的在不同的mutant allele frequencies（MAF）下，不同測序深度的靈敏度及特異性數(shù)據(jù)，確定不同樣本的可信的測序深度。經(jīng)驗(yàn)證后，SOP發(fā)生的任何改動(dòng)，包括試劑、儀器、基因項(xiàng)目等都需要重新做驗(yàn)證。驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果簽名留底備案。
4．NGS檢測實(shí)驗(yàn)室的質(zhì)量管理要求：NGS檢測主要包括實(shí)驗(yàn)操作和生物信息學(xué)分析兩部分。實(shí)驗(yàn)操作部分包括樣本準(zhǔn)備、文庫制備、編碼（barcoding）、目標(biāo)區(qū)域富集、測序等；生物信息學(xué)分析部分包括定位（mapping）、比對(duì)、變異識(shí)別、變異注釋、變異解讀及報(bào)告等。上述流程均需要建立實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理體系文件和SOP及機(jī)器運(yùn)行和維護(hù)SOP，具有嚴(yán)格的室內(nèi)質(zhì)控措施；定期參加室間質(zhì)評(píng)以有及持續(xù)的質(zhì)量保證和改進(jìn)計(jì)劃。
二、NGS分析樣本、基因panel和轉(zhuǎn)運(yùn)要求
NGS分析樣本類型可采用FFPE樣本、新鮮組織、各種體液上清液、體液離心細(xì)胞塊石蠟包埋標(biāo)本和血漿/血液標(biāo)本等。
對(duì)于腫瘤體細(xì)胞變異初次NGS檢測應(yīng)首選經(jīng)病理評(píng)估的組織樣本，在此數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上的再次檢測可選取液體樣本動(dòng)態(tài)監(jiān)測。
NGS檢測前需通過病理診斷明確其腫瘤的性質(zhì)及含量，根據(jù)不同腫瘤類型選擇合適的基因panel測序【8-11】。
不同疾病的基因panel列表，必須由臨床與檢測機(jī)構(gòu)的專家共同決定，已達(dá)到不同實(shí)驗(yàn)室之間的可比性和完善性。
未經(jīng)病理評(píng)估的基因檢測結(jié)果不可單獨(dú)用于分子病理臨床診斷目的。
樣本質(zhì)量對(duì)檢測結(jié)果和分析至關(guān)重要，病理醫(yī)師需要對(duì)可評(píng)估的樣本進(jìn)一步明確病理診斷，并評(píng)價(jià)標(biāo)本有無出血、壞死和不利于核酸檢測的前處理（例如含HCl脫鈣液處理），病變細(xì)胞（如腫瘤細(xì)胞）的總量和比例，避免假陰性。組織標(biāo)本中腫瘤細(xì)胞含量建議達(dá)到20%以上，低于此標(biāo)準(zhǔn)可富集后檢測【12】。
NGS檢測實(shí)驗(yàn)室應(yīng)對(duì)不同類型的樣本有采集及處理SOP指導(dǎo)。對(duì)于不同的樣本（FFPE、體液、血液等）實(shí)驗(yàn)室應(yīng)有不同的樣本運(yùn)送SOP，物流環(huán)節(jié)（含冷鏈運(yùn)輸）應(yīng)有相關(guān)運(yùn)送記錄，確保樣本運(yùn)送安全、無污染、無降解。
三、NGS檢測流程中的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)
1．核酸提取及其質(zhì)量分析：提取的核酸質(zhì)量是NGS檢測成功的關(guān)鍵因素，在制備文庫前應(yīng)采用多種方法對(duì)核酸質(zhì)量評(píng)估，包括純度、濃度和完整性分析。需要根據(jù)不同的樣本類型制定相應(yīng)的SOP用以鑒定核酸的純度、濃度、完整性或降解程度等。并對(duì)應(yīng)明確接受和拒絕的標(biāo)準(zhǔn)。
2．文庫制備及其質(zhì)量分析：文庫制備方法主要有雜交捕獲和擴(kuò)增子建庫，無論采用何種方法制備文庫和平臺(tái)檢測，都應(yīng)對(duì)檢測基因、區(qū)域或突變熱點(diǎn)進(jìn)行描述，并建立實(shí)驗(yàn)室檢測SOP。建立好文庫后上機(jī)測序前需對(duì)文庫進(jìn)行質(zhì)量分析。每個(gè)檢測項(xiàng)目應(yīng)設(shè)定其文庫質(zhì)量的要求，明確接受或拒絕的標(biāo)準(zhǔn)。
3．NGS測序儀上機(jī)分析及其質(zhì)量分析：NGS建庫主要有擴(kuò)增法和捕獲法兩大策略，測序時(shí)根據(jù)檢測樣本量和質(zhì)量要求確定適當(dāng)?shù)男酒员ＷC測序質(zhì)量和靶區(qū)覆蓋深度。錄入樣本編號(hào)、檢測內(nèi)容、設(shè)定參數(shù)等信息，按儀器操作流程進(jìn)行測序。產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)質(zhì)量參數(shù)要求詳見后文。
4．NGS檢測中的樣本追蹤及對(duì)照設(shè)置：（1）樣本追蹤：為確保檢測過程中樣本沒有混淆或污染，可選用多個(gè)SNV位點(diǎn)或其他標(biāo)簽作為樣本身份標(biāo)識(shí)（sample ID），在檢測前對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行SNV位點(diǎn)信息的測定，在NGS檢測后對(duì)上述位點(diǎn)進(jìn)行追蹤，證明沒有交叉污染。（2）陽性對(duì)照：應(yīng)用組合型質(zhì)控材料，可采用已知突變信息的混合樣本，以模擬樣本的復(fù)雜性。實(shí)驗(yàn)時(shí)同時(shí)檢測，以確保其檢出能力。（3）陰性對(duì)照：用無核酸或明確無突變的樣本作為模板同時(shí)進(jìn)行檢測，以確保檢測過程中沒有污染或非特異性。（4）應(yīng)對(duì)方案和替代方法：各個(gè)質(zhì)量控制步驟中如出現(xiàn)異?；蚴。瑢?shí)驗(yàn)室應(yīng)有應(yīng)對(duì)措施或備選方案；對(duì)于測序結(jié)果質(zhì)量差或有問題的區(qū)域應(yīng)建立替代方法（如Sanger測序）。
四、生物信息分析
NGS數(shù)據(jù)的生物信息分析可分為兩個(gè)主要步驟：一是對(duì)測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控分析及過濾。二是對(duì)通過質(zhì)控的序列進(jìn)行變異位點(diǎn)鑒定分析并注釋。所用各種生物信息分析軟件，都要通過適量標(biāo)準(zhǔn)品測序數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證，證明所用軟件及參數(shù)可達(dá)到臨床報(bào)告的要求。
1．NGS生物信息分析流程標(biāo)準(zhǔn)：（1）質(zhì)控分析：為保證分析結(jié)果的可靠性，需要對(duì)原始的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制與過濾。測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制主要包含4個(gè)方面：質(zhì)量評(píng)估、去接頭序列、去低質(zhì)量序列、去重復(fù)序列。（2）序列比對(duì)（mapping）：將通過質(zhì)控后每一條read與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，回貼到基因組上最佳位置。（3）變異鑒定：對(duì)每個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行變異鑒定。在腫瘤panel測序中，主要檢測SNV和Indel兩種突變類型，參數(shù)調(diào)整后可分析CNV。部分panel的設(shè)計(jì)還可以鑒定染色體易位。對(duì)于腫瘤panel基因測序數(shù)據(jù)，鑒定后的變異位點(diǎn)都需要進(jìn)行該位點(diǎn)可視化查看和確認(rèn)，如The IntegrativeGenomics Viewer (IGV)。（4）變異注釋：基于通用數(shù)據(jù)庫，對(duì)突變基因位點(diǎn)進(jìn)行功能注釋，詳見下文。
2．NGS生物信息分析流程質(zhì)量管理：實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立生物信息學(xué)程序/Pipeline的書面質(zhì)量管理(QM) 計(jì)劃文件。必須包含每次運(yùn)行時(shí)監(jiān)測和評(píng)估運(yùn)行性能的指標(biāo)和質(zhì)控參數(shù)，以及定期（例如每月、每季度）監(jiān)測的指標(biāo)和質(zhì)控參數(shù)。指標(biāo)和質(zhì)控參數(shù)可包括但不限于標(biāo)準(zhǔn)品的突變類型及百分比。生物信息分析流程建立后，需要采用已知變異類型和變異頻率的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行驗(yàn)證，驗(yàn)證其特異性和靈敏度是否達(dá)到實(shí)驗(yàn)室要求。驗(yàn)證結(jié)果簽名留底備案。（1）NGS數(shù)據(jù)存儲(chǔ)：實(shí)驗(yàn)室需要在生物信息分析過程中對(duì)原始數(shù)據(jù)及最后的結(jié)果數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化存儲(chǔ)，并要保存相應(yīng)的年限以備查。（2）版本可追溯性：每份病例數(shù)據(jù)分析報(bào)告中，生物信息數(shù)據(jù)分析流程所涉及軟件、算法、參數(shù)及數(shù)據(jù)庫的版本必須可溯源。（3）異常記錄。實(shí)驗(yàn)室需要建立一個(gè)異常記錄文檔，用來記錄偏離NGS生物信息分析標(biāo)準(zhǔn)分析流程的檢測。
3．NGS生物信息分析質(zhì)量指標(biāo)：原始文件及比對(duì)結(jié)果文件的質(zhì)量指標(biāo)見表1。
4．NGS數(shù)據(jù)存儲(chǔ)格式標(biāo)準(zhǔn)：為了規(guī)范和管理各類數(shù)據(jù)，各個(gè)實(shí)驗(yàn)室需按照編號(hào)進(jìn)行數(shù)據(jù)管理，所有數(shù)據(jù)按照國際標(biāo)準(zhǔn)格式進(jìn)行存儲(chǔ)。必須建立本地變異數(shù)據(jù)庫（用于檢驗(yàn)變異真實(shí)性）。
5．NGS數(shù)據(jù)存儲(chǔ)傳輸及共享安全標(biāo)準(zhǔn)：實(shí)驗(yàn)室需要制定規(guī)章制度以確認(rèn)測序數(shù)據(jù)在內(nèi)部及外部存儲(chǔ)及傳輸過程中的安全性和機(jī)密性。正常人群的變異數(shù)據(jù)應(yīng)該共享。
五、NGS結(jié)果解釋及報(bào)告
1．NGS臨床報(bào)告包含內(nèi)容：基于高通量測序技術(shù)，臨床實(shí)驗(yàn)室比較容易的獲取更高通量的臨床樣本檢測數(shù)據(jù)，不可避免會(huì)檢測到意義未知的變異位點(diǎn)，在實(shí)際工作中會(huì)有一定的不確定性。但NGS的檢測報(bào)告建議體現(xiàn)以下內(nèi)容：
（1）檢測名稱，如XXX基因變異檢測報(bào)告。
（2）患者基本信息，姓名，年齡，性別，住院號(hào)，送樣醫(yī)院科室及醫(yī)師等。
（3）樣本信息，病理號(hào)，取材部位，樣本類型（FFPE、新鮮、血液等）、送檢日期、報(bào)告日期等。
（4）病理信息，腫瘤組織類型、位置、TNM分期、細(xì)胞含量、腫瘤細(xì)胞比例、特殊說明（出血、壞死、酸脫鈣處理等）。
（5）檢測技術(shù)，包含所用基因panel、檢測平臺(tái)名稱，分析軟件版本號(hào)等。
（6）結(jié)果列表應(yīng)包含，基因名稱、變異在染色體位置、變異頻率、cDNA的Genbank號(hào)（NM開頭）及符合人類基因組變異協(xié)會(huì)(Human Genome Variation Society,HGVS)書寫規(guī)范的突變類型、編碼蛋白Genbank號(hào)（NP開頭）及突變類型、雜合/純合狀態(tài)等。
（7）臨床意義解讀和批注：體細(xì)胞突變，報(bào)告各個(gè)腫瘤檢測到的變異位點(diǎn)及臨床意義。胚系突變，對(duì)于檢測到的變異位點(diǎn)的致病性予以相應(yīng)的臨床解釋。臨床意義解讀要客觀平實(shí)的描述，在疾病相關(guān)性只描述既往研究中的療效或預(yù)測，不能出現(xiàn)使用何種治療手段或策略的語言。
（8）若檢測失敗，應(yīng)闡述失敗原因。
（9）最終報(bào)告應(yīng)由檢測者、報(bào)告醫(yī)師或指定審核人聯(lián)合簽發(fā)。
2．基因變異的命名：在描述所檢測出的基因變異時(shí)要遵循一定的原則和規(guī)范，推薦使用人類基因組變異協(xié)會(huì)命名指南(www.hgvs.org)。對(duì)于遺傳病相關(guān)基因變異命名，推薦美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)院（American College ofMedical Genetics and Genomics；https://www.acmg.net）的遺傳疾病變異分類指導(dǎo)的命名、遺傳背景說明以及權(quán)威文獻(xiàn)說明。
3．臨床意義的解讀和批注：對(duì)于腫瘤體細(xì)胞突變，根據(jù)突變的類型和已有的報(bào)道及指南，基因變異提倡分級(jí)的處理方式：
A級(jí)：美國食品藥品管理局（FDA）或中國食品藥品管理局（CFDA）批準(zhǔn)的用藥治療靶點(diǎn)；寫入中外診療指南有明確診斷/治療/預(yù)后意義的變異。在報(bào)告注釋該變異位點(diǎn)的臨床診斷/治療/預(yù)后意義的權(quán)威指南來源。
B級(jí)：尚未進(jìn)入診療指南，但已經(jīng)寫入該領(lǐng)域的專家共識(shí)的變異位點(diǎn)。注釋時(shí)要批注研究報(bào)道及專家共識(shí)的來源，明確其藥物及其臨床意義、正在開展的狀態(tài)等信息。
C級(jí)：FDA或CFDA批準(zhǔn)用于其他腫瘤可預(yù)測療效的基因變異，或者正在進(jìn)行中的臨床試驗(yàn)變異位點(diǎn)。注釋時(shí)要批注用于其他腫瘤的權(quán)威指南，研究文獻(xiàn)及臨床試驗(yàn)正在開展的狀態(tài)等信息。
D級(jí)：處于學(xué)術(shù)爭議或臨床意義不明確的基因變異。同一實(shí)驗(yàn)室應(yīng)該有統(tǒng)一的政策用來應(yīng)對(duì)檢測過程中出現(xiàn)的臨床意義不明變異情況【4】。
對(duì)于以上幾種情況在報(bào)告的時(shí)候注意客觀平實(shí)地描述檢測的結(jié)果，在病理報(bào)告中不能出現(xiàn)建議使用何種治療手段或策略的語言。
對(duì)于遺傳疾?。╣ermline mutation）檢測，除了中外診療指南及重要參考文獻(xiàn)以外，推薦兩個(gè)數(shù)據(jù)庫：Online Mendelian Inheritance in Man (http://omim.org/)和美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)院（https://www.acmg.net）的遺傳疾病變異分類指導(dǎo)注釋臨床意義，并附上數(shù)據(jù)庫和參考文獻(xiàn)內(nèi)容。遺傳注釋還可以參考各亞?？频膶I(yè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋（比如乳腺癌BRCA1/2基因等）。
4．意義不明位點(diǎn)的處理：由于通量的增加和人種差異，臨床腫瘤樣本可能發(fā)現(xiàn)新的變異位點(diǎn)。實(shí)驗(yàn)室必須制定相關(guān)政策方案用來應(yīng)對(duì)檢測過程中出現(xiàn)的臨床意義不明變異情況。政策可以是一發(fā)現(xiàn)變異就報(bào)告，但附上說明和意義。也可以是不報(bào)道這些發(fā)現(xiàn)或只報(bào)道小部分變異結(jié)果，并附上說明和參考文獻(xiàn)及數(shù)據(jù)庫。但是在報(bào)告的備注里一定要聲明本實(shí)驗(yàn)室的報(bào)告規(guī)則。
5．知情同意：建議提供患者手寫或在線版的知情書。
通信作者：
梁智勇（北京協(xié)和醫(yī)院病理科，Email:liangzhiyong1220@yahoo.com）；
步宏（四川大學(xué)華西醫(yī)院病理研究室/病理科，E-mail:hongbu@scu.edu.cn）
