圖片來源：安諾優(yōu)達(dá)
4月23日，中國臨床腫瘤學(xué)會（CSCO）和中國腫瘤驅(qū)動基因分析聯(lián)盟（CAGC）聯(lián)合發(fā)布了《二代測序（NGS）技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷的共識》（下稱共識），旨在為二代測序技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤驅(qū)動基因分析提供相關(guān)指導(dǎo)性建議，并規(guī)范臨床實(shí)踐。作為我國首個關(guān)于二代測序臨床腫瘤診治的共識，一經(jīng)發(fā)布便引起了業(yè)內(nèi)的高度關(guān)注，它的推出將對二代測序技術(shù)的規(guī)范化應(yīng)用有很大的促進(jìn)作用。
《共識》由癌癥遺傳學(xué)家、臨床腫瘤專家、生物信息學(xué)專家、病理學(xué)家等專家起草，主要針對臨床醫(yī)生、臨床醫(yī)院內(nèi)部的檢驗部門以及第三方檢驗機(jī)構(gòu)。內(nèi)容涵蓋了二代測序技術(shù)質(zhì)量需求、臨床腫瘤相關(guān)NGS檢測內(nèi)容、樣本處理、測序流程、數(shù)據(jù)管理、信息學(xué)分析、結(jié)果報告解釋和咨詢以及知情同意書、NGS用于研究與診斷的區(qū)別、CAGC POI項目NGS測試的監(jiān)管等9方面的內(nèi)容?！豆沧R》詳細(xì)內(nèi)容將在CSCO官方網(wǎng)站上公開。
中國首部《二代測序（NGS）技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷的共識》與歐盟的《NGS診斷指南》
2015年歐盟率先出臺《NGS診斷指南》。該指南從目前發(fā)展水平、診斷/臨床的效用、知情同意書及對患者和醫(yī)生的通知、驗證、報告、研究與診斷之間的區(qū)別六個方向做了38個聲明，并發(fā)表于Nature子刊上。那么歐盟的《NGS診斷指南》與我國的首部《共識》有何共同之處？筆者根據(jù)新華網(wǎng)的報道，將兩者共同關(guān)注的焦點(diǎn)進(jìn)行了歸類。
由于技術(shù)發(fā)展迅猛導(dǎo)致了NGS平臺出現(xiàn)不穩(wěn)定的現(xiàn)狀。然而，這不能作為阻止NGS應(yīng)用于診斷領(lǐng)域的理由，因為從某種程度上說，NGS確實(shí)能給患者帶來了潛在的利益。中國的首部《共識》與歐盟出臺的《NGS診斷指南》均強(qiáng)調(diào)了NGS技術(shù)的應(yīng)用現(xiàn)狀。
上海南方基因組中心王升躍教授對NGS技術(shù)要求進(jìn)行了說明，強(qiáng)調(diào)了檢測需在通過審核驗收的臨床基因擴(kuò)增檢驗實(shí)驗室進(jìn)行，且各檢測實(shí)驗室應(yīng)參加“NGS相關(guān)的室間質(zhì)量評估項目”來提供和保證檢測的能力和質(zhì)量。
歐盟的《NGS診斷指南》強(qiáng)調(diào)未根據(jù)最新指南要求進(jìn)行可接受性驗證測試，NGS不應(yīng)進(jìn)入臨床實(shí)踐中；實(shí)驗室必須確定即將進(jìn)行的測試是用于排除診斷還是證實(shí)診斷。
檢測內(nèi)容是NGS診斷首先要明確的要點(diǎn)?！豆沧R》中對臨床腫瘤相關(guān)的NGS檢測內(nèi)容進(jìn)行了規(guī)定。歐盟的《NGS診斷指南》強(qiáng)調(diào)，實(shí)驗室提供的每個NGS檢測應(yīng)明確以下幾點(diǎn)，包括明確目標(biāo)疾病，明確所檢測的基因名稱，明確可報告范圍，明確分析敏感度和特異性，如果可以，還應(yīng)明確與臨床表型無關(guān)但與所檢測的基因相關(guān)的疾病。
樣本的質(zhì)量與許多參數(shù)有關(guān)，包括數(shù)據(jù)的產(chǎn)量、PCR拷貝和覆蓋的比例等。北京協(xié)和醫(yī)院梁智勇教授提出NGS檢測樣本處理均應(yīng)有明確的SOP指導(dǎo)，組織DNA和血漿DNA樣本均應(yīng)進(jìn)行檢測前的質(zhì)量控制分析。樣本的處理也是本次《共識》強(qiáng)調(diào)的主要內(nèi)容之一。
歐盟的《NGS診斷指南》指出，由于NGS工作流程非常復(fù)雜，因此應(yīng)建立樣本的追蹤方法，包括在實(shí)驗室和計算分析中實(shí)施并聯(lián)法；在評估分析處理中包括平臺驗證過程應(yīng)建立樣本追蹤方法和設(shè)置樣本識別條形碼。
信息學(xué)分析是試驗數(shù)據(jù)走向臨床應(yīng)用的關(guān)鍵步驟之一，《共識》對NGS數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、管理和生物信息學(xué)方面提出了建議。然而，具體建議需等CSCO官方網(wǎng)站詳細(xì)公布。
歐盟《NGS診斷指南》指出，顯然每種測序技術(shù)都存在著優(yōu)缺點(diǎn)，生物信息學(xué)工具必須能反映這些特征；生物信息學(xué)流程必須針對所使用的技術(shù)平臺；任何化學(xué)成分的改變、濃縮方法或生物信息學(xué)分析平臺應(yīng)該保證后續(xù)的有效性；診斷實(shí)驗室必須驗證所有的生物信息學(xué)流程（公用工具或商業(yè)軟件包）的標(biāo)準(zhǔn)信息設(shè)置，以確保相關(guān)數(shù)據(jù)更改后（新版本）及時跟進(jìn)；診斷實(shí)驗室應(yīng)使用當(dāng)前注釋相關(guān)變異體的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)庫。
NGS檢測結(jié)果報告的清晰性和一致性至關(guān)重要，因為實(shí)驗室的報告不僅給專家閱讀，還可能給非專家閱讀。《共識》同時配發(fā)《NGS檢測報告格式化模板》用以指導(dǎo)檢測結(jié)果的臨床報告，目的是確保檢測方以標(biāo)準(zhǔn)化、全面充分但又簡明易懂的方式為臨床醫(yī)生提供信息，協(xié)助其用于患者的靶向治療方案的決策。
歐盟《NGS診斷指南》對檢測結(jié)果報告做了相關(guān)聲明。NGS的分析報告應(yīng)對患者的鑒別診斷進(jìn)行總結(jié)，簡要描述測試，總結(jié)結(jié)果，將主要結(jié)果放于報告首頁。所有致?。?類）或可能致病（4類）的變異必須包含在報告中，由當(dāng)?shù)卣邲Q定是否報告未分類的變異（UVs-3類），且實(shí)驗室科學(xué)家及臨床醫(yī)生必須清楚UVs-3類變異；需發(fā)起收集和分享可用信息的群體活動，最終目的是將變異體絕對分類為致病性（5類）或良性（1類）；被實(shí)驗室或研究所采納的與直接結(jié)果和二次結(jié)果相關(guān)的政策必須體現(xiàn)在實(shí)驗室的實(shí)踐和報告中。
隨著全基因組測序在研究和診斷領(lǐng)域的應(yīng)用增加，兩者之間的界線也越來越模糊，因此有必要描述兩者之間的區(qū)別?！豆沧R》特別使用單獨(dú)章節(jié)明確區(qū)分了診斷目的和研究目的的NGS檢測。《共識》定義，前者是為了回答患者腫瘤是否存在特定的基因變異狀態(tài)，以協(xié)助臨床及藥物治療決策，這種檢驗需要在得到認(rèn)證的實(shí)驗室開展；而后者是針對某種“研究假設(shè)”開展的檢測，結(jié)果通常不具有明確的臨床意義，因此需要在進(jìn)一步診斷條件下確證才能納入患者的醫(yī)療記錄。且兩者均需建立數(shù)據(jù)庫。
歐盟《NGS診斷指南》在談及NGS診斷目的和研究目的的區(qū)別時指出任何診斷測試都是為了回答與患者醫(yī)療條件相關(guān)的臨床問題；研究測試是一種驅(qū)動假設(shè)，結(jié)果可能僅限于參與研究的患者的臨床效應(yīng)；通過分析外顯子或基因組得出的診斷測試結(jié)果可假設(shè)生成；當(dāng)以單一患者的診斷為的目的診斷檢測應(yīng)在獲認(rèn)可的實(shí)驗室中進(jìn)行，研究結(jié)果必須在通過認(rèn)證的實(shí)驗室確定后方可轉(zhuǎn)移至患者身上；所有來自健康個體的診斷測試或研究測試的變異頻率都應(yīng)共享；所有的變異報告應(yīng)提交供聯(lián)盟、地區(qū)、國家或國際數(shù)據(jù)庫共享。
知情同意書是NGS檢測必不可少的環(huán)節(jié)?！豆沧R》要求，患者在接受檢驗前需知情同意、獲得相關(guān)遺傳學(xué)咨詢，以確?；颊咧獣曰驒z測的目的、利弊以及測試的局限性。
歐盟的《NGS診斷指南》規(guī)定在執(zhí)行NGS診斷檢測之前，臨床（遺傳）中心需要建立一個“直觀結(jié)果和二次結(jié)果的協(xié)議”，該協(xié)議必須與倫理委員會的意見相符，應(yīng)明確——在實(shí)驗室、研究所或國家層面上——除了最初的診斷結(jié)果，患者對檢測出來的額外結(jié)果的告知是否有選擇決定權(quán)，還應(yīng)詳細(xì)說明檢測直觀結(jié)果與疾病攜帶狀況是否出現(xiàn)在檢測報告中。實(shí)驗室必須確保能妥善管理協(xié)議中的每一條選項；關(guān)于與目標(biāo)疾病無關(guān)的其他疾病攜帶狀態(tài)和二次結(jié)果是否被告知的選項協(xié)議，如果臨床中心或?qū)嶒炇覜Q定為患者提供，那么該協(xié)議應(yīng)該包含所有的邏輯性；應(yīng)讓患者清楚當(dāng)?shù)貙χ庇^結(jié)果與二次結(jié)果的管理政策；建議給患者提供一份書面說明書或在線可用信息說明。
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