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基因漫游記
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基因測序顛覆你對世界的“想象力”
時間:2014-09-29 11:15:16 來源:生物探索 點擊:

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被改變著的世界

如今,基因測序概念在國內(nèi)已經(jīng)并不陌生。

從科研領域的全基因組測序(WGS)到臨床應用的無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測以及高血壓個體化治療檢測,基因的作用和重要性日益凸顯,正在不經(jīng)意間以其巨大的力量改變著人們的生活,使人類對自然和自身的認知進入到了一個新的層面。同時,個體化醫(yī)療概念的興起,激發(fā)了人們對基因測序的需求,也使得基因測序商業(yè)化、大眾化的意愿成為了科研界和臨床應用界的共識。

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但顯然,第二代基因測序技術已經(jīng)不能滿足人們對基因測序的想象。

二代測序技術

2001年,人類基因組計劃(Human Genome Project,HGP)宣告完成。這項由美國、英國、法國、德國、日本和中國六個國家共同參與,歷經(jīng)十年,耗資數(shù)十億美元的人類基因組計劃,成為了人類基因研究史上一個重要的里程碑,但也使得出現(xiàn)一種更加先進、更快速的、高通量的測序技術成為了科研人員的統(tǒng)一訴求。

于是,基于大規(guī)模平行測序(massively parallel sequencing)思想的第二代基因測序技術(next-generation sequencing,簡稱NGS)應運而生。

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第二代測序技術的出現(xiàn),使得基因研究領域快速發(fā)展,測序成本也大大降低。根據(jù)資料顯示,全基因組測序在2001年時需要耗費一百萬美元,而在第二代測序技術的幫助下,2011年已經(jīng)下降到1萬美元。借此浪潮,著名的測序設備生產(chǎn)商Illumina公司也異軍突起,股票價格由2001年的15.94美元,上漲到如今的168美元,最高漲幅23.74倍,市值達217億美元。

但如今的第二代測序技術也面臨著諸多問題,一定程度上阻止了基因測序的大眾化趨勢。

首先,第二代測序技術測序平臺和測序成本仍然十分高昂,儀器普遍高達40-70萬美元,而一個全基因組測序至少需要2000-5000美元,同時花費幾周的時間;第二代測序技術依賴于基因樣品的擴增過程,大量的洗脫過程即增加了成本和樣品制備的時間,也容易出現(xiàn)錯誤累積;第二代測序技術普遍讀長為150-400bp,無法滿足更高的科研需要;大量的數(shù)據(jù)拼接工作和光學讀取導致的大體量數(shù)據(jù),讓分析變成了耗時耗力的工作。

現(xiàn)在,第二代測序技術已經(jīng)處于市場發(fā)展的中后期階段,其不足性將在未來更加明顯。羅氏公司也已決定于2016年停止其第二代測序平臺454的生產(chǎn)。

那么什么樣的技術才能“擔當”起人們對基因測序領域的期望?

第四代測序技術成為了眾多人心目中答案。

第四代基因測序技術

第四代測序技術,又稱納米孔測序技術,其原理十分容易理解:分子在通過納米孔道時,會對通過納米孔的電流,或橫穿過納米孔的電流(隧穿電流)產(chǎn)生影響,而每種不同的分子通過時,對電流產(chǎn)生的影響具有可區(qū)別的差異。于是利用這種差異,納米孔測序技術就可以識別基因中堿基(對)的排列順序。

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相比于前面三代測序技術,第四代測序技術是真正實現(xiàn)單分子檢測和電子傳導檢測相結合的測序方法,完全擺脫了洗脫過程、PCR擴增過程。作為最有希望實現(xiàn)1000美元基因組甚至100美元基因組的技術,納米孔技術具有超高讀長、高通量、更少的測序時間和更為簡單的數(shù)據(jù)分析,實現(xiàn)了從低讀長到超高讀長、從光學檢測到電子傳導檢測的雙重跨越。

一旦第四代測序技術投入市場,將有望在幾小時內(nèi)以幾百美元的成本完成全基因組測序。

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也正因此,眾多基因測序公司和投資人都把目光聚焦在了第四代測序領域。今年6月,羅氏公司以3.5億美金價格收購了美國納米孔測序公司Genia Technologies;同在6月,羅氏公司聯(lián)合風投共同投資美國納米孔測序公司Stratos Genomics 1500萬美金。羅氏公司還與IBM公司共同研發(fā)固態(tài)納米孔技術。而Illumina和Lifetech也在著力發(fā)展或投資納米孔測序技術。

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如今的基因測序領域,充滿著未知和期待。就和六七十年代的電腦和互聯(lián)網(wǎng)一樣,沒有人能說清楚它什么時候會爆發(fā)。但我們可以想象,未來的某一天,借助第四代測序技術的力量,我們可以在幾小時內(nèi)破解自己的基因密碼;醫(yī)生可以根據(jù)患者的基因信息來輔助診斷,制定個體化用藥方案;我們的健康和生活也將因此發(fā)生巨大變化。

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