| 導讀 |
遺傳疾病（單基因疾病、基因組結構缺陷和拷貝數(shù)變異）是導致10歲以下兒童死亡的主要原因。一項新的分析顯示，對于遺傳疾病兒童的檢測，全基因組測序（WGS）和全外顯子組測序（WES）比染色體微陣列（CMA）具有更大的診斷和臨床價值。美國圣地亞哥Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的研究人員建議，測序應該被視為遺傳疾病的一線診斷工具。
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新興診斷工具
目前，染色體微陣列被推薦用于某些遺傳疾病的兒童的一線基因組檢測。然而，近年來，全基因組測序和全外顯子組測序已經(jīng)成為更常見的檢測方法。
在疑似遺傳性疾病患兒中建立病因診斷，對于及時實施精準醫(yī)療和最佳診療結果至關重要，特別是在指導重大的臨床決策方面。目前除了少數(shù)遺傳性疾?。ㄈ缛旧w非整倍體）在出生時有病理發(fā)現(xiàn)外，病因診斷需要確定病因分子基礎。
而在實踐中，這是非常困難的。主要是以下幾個原因，首先是遺傳的異質性，有超過5200種遺傳疾病已經(jīng)建立了分子基礎。其次，嬰兒的臨床異體遺傳疾病的表現(xiàn)形式往往是對年長兒童的典型描述。第三，在患有遺傳疾病的嬰兒中，并發(fā)癥是常見的，包括早產、出生創(chuàng)傷和膿毒癥的臨床表現(xiàn)。第四，大約4%的兒童有不止一個基因診斷。最后，疾病在兒童中的進展速度更快，診斷就是和時間進行賽跑。
目前CMA被推薦用于患有多種遺傳性疾病的兒童一線診斷工具。在過去五年里，WGS和WES開始廣泛應用于疑似遺傳性疾病的嬰幼兒的病因診斷。及時的分子診斷，或可為兒童的遺傳疾病建立一個新的精準醫(yī)學時代。
Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的研究人員報告了一篇文獻綜述和薈萃分析，討論了與 CMA相比，WGS和WES在患有任何疑似遺傳疾病的兒童（0-18歲）中的診斷和臨床應用。
研究結果以 “Meta-analysis of the diagnostic and clinical utility of genome and exome sequencing and chromosomal microarray in children with suspected genetic diseases”為題發(fā)表在《npj Genomic Medicine》雜志上。
更大的臨床價值
研究人員對PubMed網(wǎng)站進行了篩選，發(fā)現(xiàn)了2011年1月至2017年8月間發(fā)表的37項研究，其中包括20,068名兒童，并對WGS和WES與CMA相比的診斷效用進行了評估。
Clark和她的同事報告說，在這些研究中，WGS綜合診斷效用為0.41，在質量上比WES(0.36)或CMA(0.10)要大。
當研究人員對WES、WGS和CMA診斷效用的異質性進行建模時，他們發(fā)現(xiàn)了研究規(guī)模和發(fā)表年份的影響。規(guī)模較大的研究可以降低診斷的幾率。平均而言，研究規(guī)模增加1000人，診斷幾率降低28%。此外，隨著時間的推移，WES和WGS的診斷率每年增加約16%，而通過CMA確診的幾率每年減少14%。研究人員指出，隨著時間的推移，這種變化很可能是由于測序技術的發(fā)展。
盡管如此，在2017年發(fā)表的近2000名兒童的11項研究中，WGS綜合診斷效用為0.42，CMA為0.05。研究人員指出，很少有研究將WES和WGS進行比較。他們對138名兒童進行了調查，發(fā)現(xiàn)兩種方法的診斷效用沒有顯著差異。
當研究人員將WES和WGS放在一起，將它們與CMA進行比較時，他們發(fā)現(xiàn)，通過測序方法得到診斷的幾率是CMA的8.3倍。這表明，WGS/WES應被認為是對疑似遺傳病兒童的一線診斷工具。
“我們希望整個基因組測序很快成為常規(guī)檢測，以便所有需要它的兒童都能獲得這一拯救生命的技術，” Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的總裁兼首席執(zhí)行官Stephen Kingsmore在一份聲明中說。
當然，研究人員也指出，WGS的價格是WES的兩倍，WES本身的價格是CMA的兩倍。而且，這項研究受限于已發(fā)表的診斷率、無法控制異質性，以及一些進行測序的兒童以前曾接受過CMA分析。
責編：風鈴
參考資料
Sequencing has Greater Diagnostic, Clinical Utility Than Microarrays for Pediatric Genetic Disease
