在近日舉行的2013年生物IT世界亞洲會(huì)議上，科學(xué)家和臨床醫(yī)生討論他們?nèi)绾卧谂R床基因組學(xué)領(lǐng)域更好地協(xié)作，以促使基因組學(xué)信息應(yīng)用于臨床研究。
Kinghorn癌癥中心Garvan醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)Marcel Dinger稱，基因組學(xué)將能“徹底改變我們對(duì)自身遺傳代碼的認(rèn)識(shí)”。
基因組學(xué)研究從基礎(chǔ)做起
就職于新加坡基因組研究所和基因組科學(xué)&政策研究所（杜克-新加坡醫(yī)學(xué)院）的Patrick Tan教授的起始演講內(nèi)容是，描述他如何利用外顯子測(cè)序?qū)喼尢赜械亩喾N癌癥內(nèi)部的分子機(jī)制進(jìn)行研究。
這些研究讓Tan教授識(shí)別出腫瘤發(fā)生相關(guān)的新基因和新途徑。Tan教授指出，細(xì)胞黏附途徑和染色質(zhì)修飾途徑容易導(dǎo)致胃癌發(fā)生，這有助于識(shí)別藥物研發(fā)的效用靶點(diǎn)，并為患者提供更多的治療方案。
外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)表明，現(xiàn)有藥物的治療范圍可被拓展。Tan教授研究發(fā)現(xiàn)，一種風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的藥物可用于治療外周T細(xì)胞淋巴瘤和NK / T細(xì)胞淋巴瘤；已用在胰腺導(dǎo)管腺癌患者的治療方案對(duì)膽管癌患者也有效。
基因組學(xué)走向臨床
臨床基因組學(xué)可用于診斷遺傳性疾?。ㄓ绕涫呛币姷倪z傳疾病）。Jimmy Lin創(chuàng)建了非營(yíng)利的罕見基因組研究所（RGI）去幫助那些患有罕見遺傳疾病的兒童，Lin稱，3億多患者遭受7000多種罕見遺傳疾病的困擾，而僅有不到5%的患者接受治療。為了讓更多患者尋求適當(dāng)治療，RGI研究所在合作者國(guó)際聯(lián)盟（international network of collaborators）的幫助下利用外顯子測(cè)序去幫助識(shí)別患者的疾病類型。
腫瘤基因組學(xué)是基因組學(xué)的另一個(gè)重要應(yīng)用，能夠?qū)δ[瘤進(jìn)行基于病例機(jī)制的分類，從而有利于設(shè)計(jì)治療方案。創(chuàng)建臨床基因組測(cè)序中心的Dinger稱，臨床醫(yī)生治療腫瘤的手段是分子分型而非組織分型。
全島普及基因組測(cè)序
來自法羅群島衛(wèi)生部的Bogi Eliasen描述了將基因組學(xué)應(yīng)用于個(gè)體化最佳醫(yī)療的意愿，以強(qiáng)調(diào)疾病預(yù)防、疾病治療、價(jià)格低廉和測(cè)序普及，從而推動(dòng)基因組學(xué)更進(jìn)一步發(fā)展。
Eliasen主管的FarGen項(xiàng)目致力于對(duì)法羅群島全部民眾（5萬(wàn)人）進(jìn)行全基因組測(cè)序并應(yīng)用于醫(yī)療中，這一關(guān)系緊密的社會(huì)群體因規(guī)模小、隔離性強(qiáng)以及透明度高而具有可供挖掘豐富遺傳數(shù)據(jù)的優(yōu)勢(shì)。
法羅群島花費(fèi)8年時(shí)間搭建道德體系，包括對(duì)個(gè)人權(quán)利保護(hù)的生物庫(kù)法，而泄漏個(gè)人遺傳遺傳的FarGen項(xiàng)目如今卻獲得政府和公眾強(qiáng)有力的支持，此外，公共衛(wèi)生、行政和教育三大體系聯(lián)合多個(gè)國(guó)際學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)一起推動(dòng)FarGen項(xiàng)目的開展。
仍處于試驗(yàn)階段的FarGen項(xiàng)目需要進(jìn)行優(yōu)化以獲得工作流程原型，今年該項(xiàng)目的測(cè)序目標(biāo)是1000個(gè)基因組。
基因組學(xué)仍處于解讀階段
Marcel Dinger認(rèn)為在臨床基因組學(xué)領(lǐng)域一個(gè)最大的挑戰(zhàn)是做決定，尤其當(dāng)可用信息是新的或者是不完整時(shí)。做決定要依據(jù)的環(huán)節(jié)很多，從參與者選擇、研究設(shè)計(jì)到數(shù)據(jù)分析以及報(bào)告模型選擇。此外，不同的研究小組因具有不同的目標(biāo)而增加了過程標(biāo)準(zhǔn)化的難度；臨床試驗(yàn)準(zhǔn)則雖處于嚴(yán)格監(jiān)管之下卻隨著技術(shù)進(jìn)步不斷發(fā)展。
大多數(shù)發(fā)言者指出，成本仍是一個(gè)主要問題。雖然測(cè)序成本下降顯著，但是基于海量數(shù)據(jù)庫(kù)的計(jì)算機(jī)分析、人工分析以及數(shù)據(jù)存儲(chǔ)是耗時(shí)的而且是昂貴的。
為了重新評(píng)估以及改進(jìn)治療方案，記錄病人臨床的基因型-表型數(shù)據(jù)是必要的，不過，這些醫(yī)療記錄在語(yǔ)言方面應(yīng)該是規(guī)范的，否則會(huì)增加對(duì)治療方案分析的難度。
對(duì)于Lin關(guān)于“基因組學(xué)處于解讀階段”的見解，所有的發(fā)言者都贊同。為了促進(jìn)基因組學(xué)發(fā)展， Dinger認(rèn)為需要包括其它學(xué)術(shù)團(tuán)體在內(nèi)的國(guó)際合作和參與，以招募更多的研究隊(duì)伍，從而實(shí)現(xiàn)將基因組學(xué)應(yīng)用于臨床醫(yī)療這一終極目標(biāo)——這一精確的、個(gè)體化的醫(yī)療體系主要使命是醫(yī)療優(yōu)化而非病情危急管理。
